Ο Λίνκολν ισχυρίστηκε ότι ήταν ανίκανος να σταματήσει την ανεξέλεγκτη κακομεταχείριση των Ινδιάνων κατά την κυβέρνησή του, παρά την κυριαρχία του κόμματός του στο Κογκρέσο. Ο Συντηρητικός Ρεπουμπλικάνος Γερουσιαστής James R. Doolittle διερεύνησε την κατάσταση των ινδιάνικων φυλών από μόνος του, βρίσκοντας ιστορίες διεφθαρμένων πρακτόρων στις σχέσεις κυβέρνησης - Ινδιάνων, καθώς και φαύλων ομοσπονδιακών στρατιωτών. Το Santee Σιού στο Crow Creek ανέφερε για λιμοκτονούντες γυναίκες και παιδιά που είχαν ξυλοκοπηθεί γιατί έψαχναν να βρουν να φάνε πεταμένα κεφάλια και εντόσθια σφαγμένων βοοειδών. Η Winnebago της πόλης Ντακότα έγραφε για μικρούς και μεγάλους Ινδιάνους που πέθαιναν από τις σούπες με σάπιο συκώτι που τους έδινε η κυβέρνηση.
"Η ψήφιση των HomesteadActs, (που έδιναν εκτάσεις γης στους αγρότες δυτικά του Μισσιππή) η δημιουργία του ομοσπονδιακού στρατού, και το άνοιγμα του σιδηροδρόμου του Ειρηνικού ήταν τα αποφασιστικά βήματα προς την τελική λύση του Ινδιάνικου ζητήματος, που έγιναν ακόμα πιο πιεστικά από ό, τι πριν από την ανακάλυψη του πλούτου από τα μεταλλεία στη Δύση.
Παίρνοντας τους αρχηγούς πέντε Ινδιάνικων φυλών στην Ουάσιγκτον στις 27 Μαρτίου 1863, τρεις μήνες μετά τη «Διακήρυξη Χειραφέτησης», (για να χτυπήσει ψυχολογικά, κυρίως, τους Νότιους ενώ μαινόταν ο «εμφύλιος» πόλεμος) ο «δίκαιος Abe» τους εξήγησε: "Τα χλωμά πρόσωπα είναι πολυάριθμα και ευημερούν, διότι καλλιεργούν τη γη, παράγουν ψωμί και εξαρτώνται από τα προϊόντα της γης και όχι από τα άγρια θηράματα για να επιβιώσουν. "
Τι ειρωνεία στις παρατηρήσεις του ‘Μεγάλου Λευκού Πατέρα, του ‘καλού αδελφού’ των ερυθρόδερμων! Στην πραγματικότητα, αρκετούς μήνες νωρίτερα, τα στρατεύματα των Βορείων είχαν καταστρέψει τον Ινδιάνικο πολιτισμό στη Μινεσότα μετά από μια εξέγερση των Σιού. Οι Σιού είχαν εξεγερθεί εναντίον της διαφθοράς του ινδιάνικου συστήματος, το οποίο η κυβέρνηση των Ρεπουμπλικάνων είχε κληρονομήσει χωρίς καμία σκέψη αλλαγής.
Οι τραπεζίτες, οι κερδοσκόποι της γης, οι πράκτορες των σιδηροδρόμων, οι έμποροι των ινδιάνων, οι πωλητές ποτών και οι διεφθαρμένοι αξιωματούχοι είχαν διαμοιράσει τα λάφυρα και αντιμετώπισαν τους Ινδιάνους με αγριότητα. Ο Λίνκολν ήταν ανίσχυρος πριν από τη συμπαιγνία της κυβέρνησης και του Κογκρέσου με τη διάπραξη τέτοιων απατεωνιών.
Αφού η επανάσταση καταπνίχθηκε και οι Σιου φυλακίστηκαν στο Φορτ Λίνκολν, οι στρατιωτικές αρχές προανήγγειλαν 303 θανατικές καταδίκες, έναν αριθμό που ο πρόεδρος .... μείωσε σε τριάντα εννέα. Ο Λίνκολν αποδέχθηκε την απέλαση των Winnebagoes από τη Μινεσότα μετά την εξέγερση των Σιού (στην οποία δεν είχαν συμμετάσχει) και υπέγραψε τη διαταγή βάζοντας 54.000 στρέμματα κλεμμένης γης των Winnebago προς πώληση.
Ο στρατός του εκστράτευσε στη Ντακότα μεταξύ 1863 - 1865, και ζήτησε ακόμη και από τους Βρετανούς να τους δώσουν την άδεια να κυνηγήσουν τους Σιου, όταν εκείνοι καταφύγουν στον Καναδά.
Ο ‘φιλάνθρωπος’ Λίνκολν έγινε ο διοικητής του στρατού που διακρίθηκε για τη σφαγή γυναικών και παιδιών στο Sand Creek για τους ίδιους λόγους που, ως απλός στρατιώτης, είχε ακολουθήσει την πολιτοφυλακή του Ιλινόις, καθώς βάδιζαν προς το Bad Axe. Η πείνα των Αμερικανών για γη ήταν ακόρεστη, και η κοινωνική τάξη που στηρίχτηκε στην ιδιωτική περιουσία στο έδαφος ήταν τόσο ασυμβίβαστη με τον κολεκτιβιστικό πολιτισμό των Ινδιάνων που δεν υπήρξε κοινό σημείο.
Η κυβέρνηση του Λίνκολν συνέθλιψε τους Ινδιάνους κατά τη διάρκεια των ετών του «εμφυλίου» πολέμου, με μια συνείδηση που γινόταν ακόμη σαφέστερη και πιο θριαμβευτική επειδή η αρχή της ατομικής ιδιοκτησίας, που ιδρύθηκε στην αρχή "εργάσου με τη γη", αγιοποιήθηκε με τον αγώνα κατά της δουλείας ...... Στο ίδιο μήνυμα το 1863, ο Λίνκολν ανέφερε την Διακήρυξη Χειραφέτησης και την Homestead και συνεχάρη τον εαυτό του για την "κατάσβεση των δικαιωμάτων κατοχής γης των Ινδιάνων σε μεγάλες και πολύτιμες εκτάσεις γης."
(Lincoln, Land and Labor, 1809-60, Oscar Fraysse, University of Illinois Press, 1988, pp. 180-181)
